Witaj,
Wydaje mi się, że jesteście (obie firmy i Ty) umówieni na kwoty brutto, tak
więc Twoja firma ma rację potrącając Ci podatek (prawdopodobnie to tej pory
sama go płaciła za Ciebie).
Wg mojej wiedzy wygląda to tak:

Klient daje 100 (umowna liczba) => Kwota umowy brutto = 100 zł
Koszty uzyskania przychodu przy UoD (50%) => Dochod = 50 zl
Podatek od dochodu (20%) => 20% z 50 zl = 10zl
=> "Faktycznie" Klient dał firmie 90 zl

Firma otrzymuje połowę z tej kwoty => 45 zł
Ty dostajesz połowę: 22,5 zł
od tego trzeba jeszcze zapłacić podatek wg tego samego wzoru
Koszty uzyskania przychodu przy UoD = 50% => Dochod = 11,25 zl
Podatek od dochodu 20% = 20% z 22,5 zl = 2,25 zl
=> dostajesz 20,25 zl

Pozdrawiam,
Alicja