Znalazłeś już bardzo dużo. Ja ci niewiele mogę dodać bo z zasady czytam
tylko to czego potrzebuję. Większych usług budowlanych nie świadczę, więc
nie będę szukał. Ale chodzi mi po głowie, że gdzieś widziałem jakieś
przepisy ogólne dotyczące rozliczania budowy etapami. Poszukaj.

Tak w googlach na szybko
http://www.gofin.pl/2,1285,67539.html?PHPSESSID=9337
c8c74e212b3db93ba3bf71199bd6
- na końcu tekstu
http://bip.kprm.gov.pl/bip/interpelacja/?idI=1563
- to dotyczy zasadniczo CIT, ale dla PIT powinno być podobnie

Tak na marginesie: nigdzie nie napisałeś o jaki podatek co chodzi CIT
PIT-KPiR, PIT-ryczałt