> No dobra.. Czyli fakturę, o treści "zaliczka na...", czy może specjalny
> typ dokumentów powinienem sobie do tego sprokurować?


Wystarczy "zaliczka na...". Mozna zapisać też że do umowy takiej i takiej.

> A jak nie wystawię mu czegoś takiego, tylko dam fakturę na koniec, na
> całą wartość (zakładając, że fakturuję w miesiącu, w ktorym ów zadatek
> wpłynął)..?

Przeczytaj art. 62 k.k.s. - będziesz wiedział, czy watro nie wystawiać
faktury, jeśli jest obowiazek.