> Chciałem się tylko upewnić.
> Jak wystawiam fakturę na zaliczkę na wykonanie usługi, która zostania wykonana
> za miesiąc, a zaliczka opiewa na 100% kwoty, to po wykonaniu usługi nie
> wystawiam już faktury końcowej

Nie wystawiasz nic.

> tylko spisujemy z klientem protokół odbioru usługi, tak?

A to jak chcesz.